「ポケモンやしき」の調査により、ミュウツーの生まれた場所は判明したが、ここで新しい疑問が生まれる。「暴走したミュウツーは、どこへ行ったのか?」である。
まずはミュウツーの行方を探すため、カントー地方中のポケモントレーナーに話を聞いて回ることにした。その結果、ハナダシティの近くにある「ハナダのどうくつ」のおく深くで、ミュウツーらしきポケモンを見たという情報をつかんだ。
おそらく暴走したミュウツーは、「ポケモンやしき」を出たあとに「ハナダのどうくつ」へと向かったと推測される。
しかし、ミュウツーはなぜ「ハナダのどうくつ」へ向かったのか? 強力なポケモンが数多く生息しているこの場所を行き先として選んだのは、やはり人間との関わりをさけるためだろうか?
『ポケットモンスター ファイアレッド・リーフグリーン』
さらに、別の地方からやって来たトレーナーの話から、カロス地方のポケモンの村と呼ばれる場所にある「ななしのどうくつ」でも、ミュウツーのもくげき情報があることがわかったが、「ハナダのどうくつ」のミュウツーと同じ個体かは不明だ。
また、「ハナダのどうくつ」と「ななしのどうくつ」どちらのどうくつも、ポケモンリーグのチャンピオン以外は立ち入ることを禁じられているということは、ミュウツーというポケモンがどれだけ危険であるかを物語っているのではないだろうか。
『ポケットモンスター X・Y』