サファリゾーンにやって来たサトシたち。管理人のカイザーじいさんの事務所を訪れたサトシは、ミニリュウと若き日のカイザーじいさんの写真を見つけ、ミニリュウの存在を確かめようとする。
そんな中、サファリゾーンに、「ポケモン取り放題」のウワサを聞きつけたロケット団たちがやって来る！

旅の山道で、サトシたちは"いしあたまポケモン"タツベイと出会う。
サトシたちは、タツベイの「空を飛びたい」という願いをかなえるため、大きなつばさを持ったボーマンダに進化させてあげようと、バトルを始めることに。
ところが、そこに現れたロケット団が、タツベイを連れていってしまった！

旅の途中、タツばあさんと出会ったサトシたち。
タツばあさんは、ドラゴンタイプのポケモンに、わざ「りゅうせいぐん」を教えているという。
するとそこに、「りゅうせいぐん」を覚えたいという、野生のフカマルが現れる。サトシとフカマルは特訓を始めるが、何度やってもうまくいかず……

アイリスとキバゴの大ぼうけんをえがいた、スペシャルストーリー。
サトシと別れた後、旅を続けるアイリスは、イブキのドラゴンタイプのジムにちょうせんすることに！
アイリスのカイリューVS色ちがいのクリムガン!!
さらに、伝説のポケモン・レックウザが登場!?
このバトル、いったいどうなる!?

これからTVアニメ・映画で大かつやくするドラゴンポケモンたちに注目！