ある港町にたどり着いたサトシ一行は、旅のつかれをいやすため、その町で行われている夏祭を楽しむことに。ロケット団も、小銭をかせぐため夏祭に参加する。

そんな中、タケシとコジロウは、その町の神社にある「秘宝絵巻」に引きつけられる。

それは、みさきにある“乙女(おとめ)が岩”の言い伝えにまつわる、美少女の絵だった。毎年この季節になると、その美少女のゆうれいが、男の旅人の精気をうばうという。

なんと、タケシとコジロウは、そのゆうれいに取りつかれてしまう！
果たして、ゆうれいのねらいと、その正体は？

サトシたちは、「ポケモンサマースクール」で、ゴーストタイプのポケモンたちとのふれ合いかたを学ぶことに。

ペアを作り、近くの山の遺跡(いせき)にあるメダルを取って、もどってくるというプログラムだった。サトシとヒカリは、それぞれクラスメイトとペアを組む。

プログラムのとちゅう、ヒカリは、霊界(れいかい)に人を連れて行くという「ヨノワール」をもくげきする。
なんと、サマースクール参加者のコウヘイをおそっていたのだ！

ところが、そこには、コウヘイとペアを組んでいた女の子の姿がなかった……。

オーキド博士から「ホテル森の洋館」で食べられる「森の羊羹（ようかん）」の話を聞いたサトシたちは、さっそくホテルへ向かうが、休業中だった。

ホテルにお化けが出ると聞き、あきらめて引き返そうとしたそのとき、だれもいないはずのホテルのドアが、勝手に開く。

何かに気付いてホテルに入ってしまったピカチュウを追いかけ、中を進むサトシたち。すると、目の前に電子レンジが。

不思議そうに見つめていると、なんととつぜん、電子レンジがおそいかかってきたのだ！　いったい、どうなる!?

急な雨に降られ、雨宿りできる場所を探していたサトシたちは、洋館にたどり着き、少し休むことに。

そのとき、たなや花びんがひとりでに動き出し、サトシたち目がけて、おそいかかってきた！　ピカチュウの10まんボルトで、なんとかふりはらおうとする。

これは、ヒトモシたちのしわざだった。
それに気づいたサトシたちは、なぜこんなことをするのかと問いただす。そして、その様子をモニターごしに見つめるかげが……。

この洋館にかくされた、おそろしいヒミツが明らかになる！